《文明四》的游戏目标与前作基本相同，但有更多的改进，更多的策略，更多的奖励方式。游戏中的每个物体都有很多选项，可能会让玩家感到不知所措……但是对于系列游戏的新手来说，这些似乎几乎让人应接不暇，难以上手。
文明系列的游戏模式包括几个部分，每个部分在文明四中都有很大的改进。比如游戏系列的战斗系统，在之前的游戏中，几个不同的军事单位会以相对的单位实力和技术进行对抗，而这个系统已经被《文明四》中更直观的“力量”系统所取代。在游戏中，有很大提升和技术优势的单位，显然比原来的那些单位强大很多(虽然这种例子很少，但还是偶尔发生，比如之前的游戏中，一个种族的长枪就能打败一辆坦克)。在游戏中，军事单位通常有许多不同的升级选项，他们也可以获得经验值和力量并升级。此外，与过去相比，火炮发生了很大的变化，更加有用。现在在游戏中，火炮可以轰击目标，比如敌人的城市，可以降低城市的防御，对周围的敌人造成附带伤害。这些改进并没有让战斗变得更加复杂，相反，它们让战斗更加丰富和深入，因为现在无论是进攻还是防守都需要考虑更多的因素。
《文明四》的外交方式也改进了很多。当然，你还是可以和邻居好好相处的(游戏甚至提供了外交取胜的方法)。此外，除了简单的交易、交易城市技术和/或关系，你还有更多选择。在游戏中，你可以尝试影响你的邻居与其他邻居搞好关系或进行战争。你甚至可以使用新增加的“开放边境系统”来保护你的后院。在之前的作品中，邻国可以让他们的建城殖民者和士兵越过你的边境，自由地与你毫无防备的本土城市和工人、平民作战，直到你努力将敌人驱逐出境(有时他们会以其他方式宣战)。
在《文明四》中，新的边境系统意味着其他国家的单位都不能进入你的国家，除非你允许边境对特定国家开放……或者你和特定国家处于战争状态。对于那些喜欢充分发展自己的经济、科学或文化基础的玩家来说，这个系统是一个非常好的奖励。从此就不用担心被敌人攻击了。当然这个系统也是很平衡的，因为紧紧关闭你的边界也会让你失去很多朋友，包括那些无论如何都是，甚至这个新增加的也是平衡的，因为紧紧关闭你的边界，不对你的邻居开放也会让你失去很多朋友。其他国家会根据你的行动记住你，如果你一直拒绝他们的要求，他们会不满。
在《文明四》中，你可以通过与邻居采用相同的宗教来与邻居友好相处。宗教系统是文明四中的新内容，很吸引人，虽然不是你获胜的必要条件。对于游戏来说，新的宗教体系给游戏增加了一些新的信仰。每种信仰都与一种特定的技术相关联，并能影响你的城市文化所能建立的宗教寺庙和传教士。无论如何，所有的宗教都是非常相似的，只是有些宗教可能会比其他宗教更早出现在游戏中(因为它们与更早的技术相关联)，不同的宗教可以带来不同的独特建筑(更多表现在游戏后期)。你最重要的目标是，如果你选择追求一条宗教道路，你的目标是让你所有的城市——以及你的对手国家的城市——拥有相同的信仰:你国家的信仰。在游戏中，宗教建筑还可以带来额外的文化奖励，如果你追求的是快速扩张或者文化胜利的策略。
