在仙剑1发售后的8年，仙剑2才姗姗来迟。正当玩家们兴致勃勃的猜测仙剑2里面李逍遥等人的剧情会如何开展的时候，却发现仙剑2的主角是一位叫作王小虎的少年。
很多玩家第一时间没有反应过来，王小虎是谁？在仙剑1里面作为npc出现，告知李逍遥仙灵岛的存在，属于推动剧情发展的重要npc。不过谁也没有想到，仙剑1里面的小毛孩在仙剑2里面成长为了主角。
仙剑2里面的王小虎（后简称小虎）身在杭州，此时的他14岁，并拜入名捕盛尊武门下，虽然天资平平但却一身正气。
在平日，盛师傅一般让小虎做的最多的都是一些杂事。在一次办事路过郊外的时候遇到了游戏的第一位女主角，沈欺霜（后简称七七）。七七的家族有重男轻女的思想，所以对她并不好，且自己的母亲过世也不能被放进沈家祠堂。不得已七七只要独自带着母亲的遗体回到老家安葬。
七七在回家路上遇到了仙霞派的清柔师太，将其收进门下。小虎跟七七的身世很像，于是便安慰七七，两人的羁绊开始产生。
回到师傅家，看到师傅正在赶走一直跪在门前，要求师傅出手的那位青年。出于善心，小虎决定帮助这位少年说话。从剧情中得知，少年叫做喻南松（后简称南松），上个月经历了灭门之灾，他幸存下来，虽然看到凶手的样貌却不知道凶手的身份。于是千里迢迢来到杭州恳请盛名捕出手相助。
经过交谈，南松得知了小虎跟李逍遥是旧识，于是决定一同前往蜀山向李逍遥寻求帮助。
两人结伴出城，不多时便遇到有人受伤，听说有妖怪把墓地的小女孩给掳走。两人急忙赶上去，看到狼人怪物准备对七七动手。不过两人并不是狼人对手，不过狼人很快被赶来的盛师傅给击败。
盛师傅本来准备把狼人给消灭以绝后患，不料被赶来的千叶禅师给收服，说是要渡化。南松看到这一切，转而恳求千叶禅师收自己为徒，千叶禅师最后答应了。
回到师傅家里，盛师傅告诉小虎为何不传他功夫的原因。是因为自己年纪小，根基不稳，修炼魔刀恐怕会被反噬。不过现在觉得小虎的资质够了，于是决定传授他刀法。
很快，仙霞派的师姐也来到盛师傅这里，将七七接走，小虎跟七七暂时分别了。临时走，小虎送给七七一块玉佩。
很快，4年过去了。小虎成在盛师傅的指导下功力大增，是当地出名的少年英雄。独自抓捕了一名贼王。受到官府和大家的表扬。
这时一位少女也看到这一切，于是找到小虎交谈，得知小虎手臂的老虎图案，便知道小虎是自己要找的人，此人便是游戏另一女主角苏媚。回到师傅这里，师傅让小虎回家看望父亲。
出城后，小虎又遇到了苏媚，苏媚自称是天师道弟子，下山来消灭妖怪。小虎一听，自然准备出手帮忙。来到一处山洞前，石门在得到正确密码（小虎本人）的情况下打开，两人进入山洞。
很快，苏媚得到了想要的东西-魔锥，留下小虎独自面对山洞里的虎煞。苏媚正得意时，遇到了魔族的掌旗使孔麟。孔麟要求交出魔锥，苏媚不肯，于是两人开打。虽然孔麟被魔锥击退，但苏媚也被魔锥力量反噬，晕倒在地。
小虎可能是命不该绝，从山洞出来遇到了昏倒的苏媚，于是将她带回家，差点被自己父亲以为是自己带回来的媳妇。
小虎看望父亲后，将师傅要求的东西带给黄埔英，这才得知这东西是刀谱。原来小虎自身的资质不适合练习魔刀，需要黄师傅帮他打通“任督二脉”后才能修炼。回到家后发现苏媚已经走了。
小虎在以前李逍遥的客栈旁边遇到了李忆如（后简称亿如），她因为觉得仙灵岛生活无聊，便用阿奴给的隐蛊溜出来玩。
小虎为了安全起见，将亿如送回仙灵岛，在这里遇到了天鬼皇，林天南，书中仙和阿奴。原来大家都是来给亿如过生的。
但是李逍遥没出现，大家估计可能是因为要准备最近的南北比武太忙了，小虎觉得这是一个开拓眼界的机会，于是要求跟林天南一起同行。结果亿如也要小虎带她一起去，顺便看望李逍遥。于是，小虎便带着亿如一同出门。
他们来到江宁府，在客栈遇到了先到的林天南，在这里击败了盗取粮食的鼠王，然后第二天一早准备去看比武大会，结果在这里遇到了七七，并得知了七七参加比武大会的原因。
回到客栈，亿如不知道跑哪去了，于是小虎不得不出门寻找。结果看到苏媚跟忆如在一起，追上去询问。苏媚告诉小虎说看到亿如这么晚一个人在外面，觉得很危险便带着她一起。
剧情之后，苏媚准备离开要去寻找很重要的东西，小虎和亿如却想跟她一起，于是三人继续一同上路。
一行人在碧湖村遇到了南松，这时的他已经小有名气，因为之前锁妖塔倒塌，里面的怪物逃出来危害人间，于是自己便和师兄万悲大师到处行侠仗义。这里小虎跟南松等人组队，一起行侠仗义。
后来才知道万悲大师是妖怪江都王，只是被千叶禅师收服，他用计把南松给关了起来，是不让南松阻碍自己一家人团聚。这里会遇到七七等人也来消灭江都王，江都王最后以自己的神形俱灭为代价将女儿蕴儿托付给众人。
完事后，一众人从碧湖村乘船前往荆州，突然孔麟现身。南松一眼认出他就是当年杀害自己家人的凶手。孔麟的目的依然是想要夺取魔锥，七七等人见到魔族人，便摆出攻击姿态，不过孔麟召唤出滔天巨浪将船打翻。
小虎和七七被浪推到岸上，似乎飘到一座不知名的岛上，却不见其他人。岛上的一只乌龟告诉他们目前是在一只名为蓬莱的巨龟背上。众人落水时它用身躯接住了落水之人。
之后还遇到了被救上来的亿如和南松，但却不见苏媚。
蓬莱将众人送到荆州后，七七和南松等人离开。小虎和亿如来到比武大会现场，这里千叶禅师会告诉所有人魔族的威胁，希望各路正义之士成立除魔同盟，不过信物魔珠被盗，于是千叶禅师要求大家一同寻找魔珠下落。
亿如告诉小虎，偷魔珠的是苏媚。此时的苏媚找到自己的叔叔虞蛇，希望得到帮助。可是虞蛇不敢得罪孔麟，便准备大义灭亲。小虎和亿如及时赶到，击败虞蛇。不过魔珠已被孔麟夺走。
这时小虎和亿如才得知苏媚的身世，他父亲是蛇妖，母亲是狐妖（仙剑1里面的蛇妖和狐妖，被救赵灵儿心切的李逍遥所杀）。所以她的目的就是复仇，不过这时小虎等人还不知道是李逍遥所为。
三人一同下山，路上被一群所谓的正义人士围住，准备擒拿苏媚。小虎挺身而出，跟众人打了起来，在寡不敌众的情况下被千叶禅师阻止。小虎自愿担负起寻找魔珠的任务才被众人放过。
小虎等人决定到蜀山寻找李逍遥，路上遇到圣姑。圣姑告诉他们当年逍遥跟拜月教主之战后，阿奴回到苗疆管理白苗族，逍遥拿着天蛇杖回到蜀山。
圣姑告诉小虎等人有一种法术可以穿梭往返于时空之间，这样就可以知道逍遥身上发生的事情，但是需要亿如拿到天蛇杖才能使用这种法术。亿如和小虎等人一起取得了天蛇杖准备第二天使用法术。
当天，亿如顺便带着苏媚来看望林月如，并告诉苏媚说月如是自己的干娘。苏媚认定月如是当年杀害自己父母的凶手，便准备晚上来行刺。
不过苏媚无法下手，因为这是亿如的娘亲，想起亿如对自己的真诚和帮助，最后苏媚选择了离开。
第二天，亿如使用法术看到李逍遥被一个外观酷似赵灵儿的蛇妖吸引。分神的时候被一副画卷所封印，操作画卷的是孔麟本人。
亿如和小虎决定找天鬼皇帮忙，去找天鬼皇的路上遇到了七七，得知仙霞派知道孔麟的位置，准备前来剿灭，所以三人同行前往寻找七七的师姐们。
在矿洞身处，仙霞派的各位师姐已经包围了孔麟。不过孔麟实力太强，很快击败众人。孔麟在放出一头妖兽阻挡众人后便飞速逃离。
击败妖兽后，七七对于师姐们的牺牲懊悔不已。安顿好师姐们的遗骸，三人继续上路。
天鬼皇对于逍遥被暗算恼怒不已，叫人心腹之人直接传送到孔麟所在的龙门邪城，在实力悬殊下，孔麟只好把画卷交出。
却不知心腹之人实际上是孔麟安排在天鬼皇旁边的卧底，其目的是为了夺取鬼族控制权。天鬼皇将画卷交给小虎等人，自己则跟孔麟缠斗，为小虎等人争取逃跑时间。
逃出来之后，众人遇到南松，南松告诉他们可以去开封城找千叶禅师帮忙。千叶禅师告诉众人，一旦进入画卷，画妖会根据你心中的挂念让你深陷其中。小虎等人考虑片刻，决定进入画卷。
进入画卷后，小虎被告知自己母亲还活着，且七七和苏媚都对自己有好感，七七也遇到了自己的师姐们，不过小虎知道这一切都是幻境，帮助七七和自己脱离了幻境。并且最终见到了李逍遥。
一番交谈，得知李逍遥一直被困在画卷中，被幻境所迷惑。
小虎，亿如和李逍遥脱离幻境后，被千叶禅师告知孔麟为何要封印李逍遥的原因。于是一众人来到五华山，遇到孔麟布下的阵势，原来真正的亿如早已被孔麟控制，之前的亿如是画妖。
孔麟的目的要李逍遥破除剑阵，自己则趁着这个时间差可以复活魔尊。好在此时苏媚出现，跟七七，小虎一起救出了亿如。然后四人一起击败孔麟。不过魔尊已经复活。
好在此时的李逍遥已经破除剑阵，并且耗尽全身气力击败魔尊。而此时苏媚准备趁着李逍遥体力不支杀死他为父母报仇，不过在小虎等人的维护下，无法下手只得离开。
这时千叶禅师出现告诉大家苏媚想要夺取魔珠，是为了获得强大的魔力，便会成为新的魔尊。
小虎和七七追上苏媚，让她交出了已经获得的魔器。千叶禅师告诉众人有了这些魔器可以将林月如复活，不过其中两件需要带回寺庙封印。七七此时也告辞离开，表示要回去跟师傅说一下最近发生的事情。
回到圣姑这里，圣姑告诉李逍遥等人魔珠上有一种罕见的蝙蝠蛊毒，接着南松出现，告诉他们千叶禅师之前拿走的魔器是赝品。众人都怀疑之前苏媚交给他们的魔器都是假的。
李逍遥告诉小虎去找仙霞派掌门人清柔真人帮忙，小虎来到仙霞派，遇到七七，七七告诉他仙霞派被人袭击，清柔真人告诉他们根据夜观天象发现会有妖魔出现。并让七七和小虎去后山重铸冰清神剑。
取剑过程中发生了不可描述的过程（大家自己去玩吧，这里也属于开放式剧情）。
重铸神剑后，一行人告别清柔师太前往开封。众人来到千叶禅师寺庙，发现苏媚正在跟千叶对峙，苏媚指责千叶掉包了魔器，企图毒死李逍遥并嫁祸到自己头上。原来千叶才是幕后主谋。
小虎等人上去准备跟千叶对峙，却被南松阻止，没办法只得击败南松。被击败的南松和小虎等人被千叶封印进结界空间。南松因为伤重而亡。苏媚独自闯关，最终将小虎，七七和亿如救出。
脱离结界空间的三人决心阻止千叶。已经吸收几件魔器的千叶实力大增，还邀请小虎等人加入自己麾下。经过一番苦战，终于战胜千叶，结束了这一切。
一切都结束后，小虎跟七七表明心意，希望她不要离开自己。最终两人结为情侣，并决定闯荡江湖寻找苏媚。
就在两人离开后，一只黄色的小狐狸就在他们身后注视着他们，这应该就是苏媚。至此仙剑2的主题剧情完毕。
仙剑2发行与2003年，基于1代的优秀表现，众多玩家对它寄予厚望，仙剑2自身也的确有出彩的地方，画面在1代基础上大幅优化，游戏剧情上的武侠味非常浓厚，且游戏最后给李逍遥也安排了一个完美的剧情，那就是林月如的真正复活。
但是2代的问题也的确很多，当然每个人对于2代的问题看法都不一样。比如2代前面的剧情很饱满，节奏稳定。但到了后期给人急于完结，其实这是因为开发团队只制作过程中发生了改变。导致故事线前后不太连贯的情况，而在今天，仙剑的每一部作品基本都被改编成了电视剧，唯独仙剑2没有被改编。
而且在仙剑2发售半年之后，仙剑3发售。没有玩过2代也不会影响玩家对3代剧情的理解，让仙剑2处于比较尴尬的地位，只能说仙剑2成为了仙剑历史上比较遗憾的作品，不过这也不能掩盖仙剑2的优秀，比如该作的bgm就非常好听。
